W 2003 roku najwyższa liga Kirgistanu została rozszerzona, wskutek czego Neftczi-KPK Koczkorata otrzymał promocję do jej grupy południowej. Po zajęciu piątego miejsca wśród 7 zespołów klub nie zakwalifikował się do turnieju finałowego. W następnym roku już jako Neftczi Koczkorata pozostał w Wyższej lidze, ale z powodu problemów finansowych, nie zakończył sezonu, w październiku za 7 rund do końca zrezygnował z udziału w turnieju. W 2005 roku zespół występował w pierwszej lidze. Po raz kolejny klub powrócił do najwyższej klasy w 2007 roku, zapraszając kilku zawodników z Uzbekistanu. W 2007 roku zespół zakończył na 6. miejscu, a w 2008 roku stał się czwartym, o punkt za trójką medalistów.
W 2010 roku zespół, kierowany przez rosyjskiego grającego szkoleniowca Aleksandra Kriestinina oraz z kilkoma zagranicznymi zawodnikami z Ukrainy i Uzbekistanu oraz reprezentantami Kirgistanu, został mistrzem kraju, wyprzedzając Dordoj Biszkek o jeden punkt. W następnym sezonie zdobył srebrne medale mistrzostw. Z powodu problemów finansowych zespół spędził sezon 2012 w pierwszej lidze.