W związku z agresją sowiecką we wrześniu 1939 roku wraz z oddziałami Batalionu KOP „Orany” przeszedł granicę polsko-litewską i został internowany w obozie w Olicie na Litwie.
thumb|Grób Mariana Okulicz-Kozaryna na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach W listopadzie 1939 roku, po ucieczce z obozu, powrócił do Wilna. Pracował i brał udział w konspiracji Związku Wolnych Polaków, a następnie ZWZ-AK. 17 września 1943 roku został aresztowany. Do listopada przebywał w obozie karnym w Prawieniszkach, z którego uciekł. Po ucieczce ukrywał się przed Niemcami. W maju 1944 roku pod pseudonimem „Dryja” przyjęto go do 6 Wileńskiej Brygady AK na stanowisko oficera (szefa) wywiadu i kontrwywiadu. W lipcu 1944 roku jako dowódca kompanii uczestniczył w operacji „Ostra Brama”, w trakcie której został ciężko raniony w twarz.