Twórczość Do wybuchu II wojny światowej znane były dwie jego kompozycje, zachowane w rękopisach znajdujących się ówcześnie w Państwowych Zbiorach Sztuki na Zamku w Warszawie. Były to Sepulto Domino oraz Magnificat – dzisiaj zaginione.
Cała znana nam dziś twórczość Pierszyńskiego to wokalno–instrumentalna muzyka sakralna. Do naszych czasów zachowało się pięć utworów, napisanych jego ręką. Część z nich to autorskie kompozycje Pierszyńskiego. Drugą grupę stanowią utwory innych kompozytorów, przepisane ręką leszczyńskiego kantora. Dodatkowo jedna z mszy Pierszyńskiego (A-dur) istnieje dzisiaj w dwóch wersjach – w rękopisie autora oraz w kopii przepisanej przez co najmniej trzech innych kopistów. Istnieje też Msza Pastoralna zachowana w rękopisie innego kopisty, jednak jest ona zdekompletowana (brak partii instrumentalnych). Pomiędzy przepisywanymi przez Pierszyńskiego utworami innych kompozytorów znajdujemy między innymi Litanię Johanna Adolfa Hassego.
Twórczość Jana Kacpra Pierszyńskiego została przypomniana podczas organizowanego w Lesznie festiwalu „Leszno Barok Plus”Jarek Adamek „Wskrzeszają dawną tradycję muzyczną” Radio Elka Leszno 4 marca 2016.