W 1968 dołączyła do ugrupowania Demokraci 66. W sierpniu 1994 objęła stanowisko ministra zdrowia, opieki społecznej i sportu w rządzie Wima Koka. Zajmowała je w obu gabinetach tego premiera do lipca 2002, od sierpnia 1998 będąc jednocześnie wicepremierem w drugim z nich. W lutym 1998 została nowym liderem Demokratów 66, startowała jako lijsttrekker z pierwszego miejsca na liście wyborczej tej partii, uzyskując mandat posłanki do Tweede Kamer. Ugrupowanie utraciło w tych wyborach 10 z 24 mandatów, Els Borst w maju 1998 zrezygnowała z kierowana swoją partią. W trakcie pełnienia funkcji ministra zdrowia była inicjatorką uchwalonej w 2002 ustawy legalizującej i regulującej kwestie związane z eutanazją. Po odejściu z polityki od 2002 pełniła różne funkcje w organizacjach pozarządowych i instytucjach badawczych.
10 lutego 2014 Elsa Borst została znaleziona martwa w swoim domu. Śledztwo wykazało, że dwa dni wcześniej została zamordowana, napastnik zadał jej ponad 40 ran kłutych w głowę, szyję i ręce. Podejrzanego o ten czyn wytypowano w 2015.