Ochrona Choroba jest nieuleczalna. Po stwierdzeniu jej występowania w sadzie wszystkie porażone drzewa należy wyciąć i spalić. Producentów drzewek obowiązuje zakaz wprowadzania do handlu roślin zarażonych, a w szkółkach, w których występuje szarka, wdraża się specjalne postępowanie kwarantannowe, polegające na zniszczeniu wszystkich drzew śliw i brzoskwiń oraz zakazaniu produkcji tych gatunków przez okres trzech lat. Można tylko zapobiegać chorobie przez działania profilaktyczne: pobieranie zrazów i podkładek do szczepienia tylko od zdrowych drzew, zakładanie szkółek śliw w okolicach, w których nie występuje ta choroba, zakładanie nowych sadów śliwowych w odległości przynajmniej 700–800 m od sadów, w których występowała szarka, uprawianie odmian mało wrażliwych na tę chorobę, zwalczanie mszyc, wycinanie przydrożnych dziko rosnących w okolicy drzew porażonych szarką.
Zaleca się uprawę odmiany ‘Jojo’, która według zapewnień hodowców ma być pierwszą śliwą całkowicie odporną na szarkę.