Ministerstwo Spraw Wojskowych zarówno przy ich formowaniu, jak i uzupełnianiu przydzielało mu często żołnierzy podlegających zwolnieniu, oficerów rezerwy oraz szeregowców i oficerów zakwalifikowanych przez dowództwa okręgów generalnych jako nie nadających się do dalszej służby wojskowej.
Według stanu z maja 1921, batalion ochraniał odcinek granicy od rzeki Pisy do rejonu wsi Lipówka. Jego północno-wschodni skraj obsadzała stacjonująca w Reszkach 3 kompania ppor. Dwornickiego.
W sierpniu 1921 21 batalion celny został zluzowany przez Straż Celną i niedługo potem rozformowany. Jego 4 kompania celna została podporządkowana 2 batalionowi celnemu.
We wrześniu 1921 odcinek od Lipówki do Wilkowa został przekazany do ochrony 43 batalionowi celnemu.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 2 batalion celny wejść miał w struktury 1 Brygady Celnej. Nocą z 5 na 6 grudnia 1921 2 batalion celny został zluzowany przez Straż Celną i po uzupełnieniu przesunięty na granicę wschodnią.
Wykonując postanowienia uchwały Rady Ministrów z 23 maja 1922, Minister Spraw Wewnętrznych rozkazem z 9 listopada 1922 zmienił nazwę „Baony Celne” na „Straż Graniczna”. Wprowadził jednocześnie w formacji nową organizację wewnętrzną.