Rozkazem tajnym nr 10 z 7 października 1921 Komendant Główny Batalionów Celnych nakazał likwidację batalionów nr 14., 17. i 18. W myśl tego rozkazu 17 batalion celny miał przekazać swoją 1 kompanię do 3 batalionu celnego w Kościerzynie. W dniu 28 października wszystkie kompanie rozformowywanych batalionów winny odejść do miejsc nowego przeznaczenia.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 3 batalion celny wszedł w struktury 1 Brygady Celnej.
Z końcem 1921 batalion został rozwiązany. Jego miejsce zajął przybyły z Wielkopolski 17 batalion celny.
Służba celna 17 maja 1921 Główna Komenda Batalionów Celnych zarządziła zmiany dyslokacyjne batalionów. 3 batalion celny miał ochraniać odcinek granicy od Boszpola do Prądzony. Sztab batalionu rozlokowany miał być w Kościerzynie.