1 sierpnia sztab 4 kompanii celnej przeniesiono z Nowego do Pieniążkowa. Z dniem 1 września 1921 zniesiono placówkę celną w Niecponiach. Rozkazem tajnym nr 10 z 7 października 1921 Komendant Główny Batalionów Celnych nakazał likwidację batalionów nr 14., 17. i 18. W myśl tego rozkazu 17 batalion celny miał przekazać swoją 3 kompanię do 16 batalionu celnego w Nowem. W dniu 28 października wszystkie kompanie rozformowywanych batalionów winny odejść do miejsc nowego przeznaczenia.
W listopadzie 1921 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych postanowiło powołać brygady celne. 16 batalion celny znalazł się w strukturze 1 Brygady Celnej. 16 batalion celny został zluzowany przez Straż Graniczną 14 marca 1922 o godzinie 12:00 i niedługo potem rozwiązany. Ostatni meldunek dyslokacyjny batalion przesłał na dzień 1 kwietnia 1922.
Służba celna 17 maja 1921 Główna Komenda Batalionów Celnych zarządziła zmiany dyslokacyjne batalionów. 16 batalion celny miał ochraniać odcinek granicy od Scharschau–Jędrychów do Schlanz–Sobkowy. Sztab batalionu rozlokowany miał być w Grupie.