21 stycznia 1922 o godzinie 12:00 20 batalion celny został zluzowany przez nowo powstały Inspektorat Straży Celnej „Chojnice”. Batalion został rozwiązany, a jego 3 kompania celna miała początkowo wejść w struktury 9 batalionu celnego stacjonującego w Oświęcimiu. Ostatecznie rozkaz zmieniono i przydzielono kompanię do 12 batalionu celnego stacjonującego w Stryju. W lutym 1922 w podporządkowanie 11 batalionu celnego weszła kompania celna z byłego 20 batalionu celnego. Otrzymała numer 5/11 bc.
Służba celna 17 maja 1921 Główna Komenda Batalionów Celnych zarządziła zmiany dyslokacyjne batalionów. 3 batalion celny miał ochraniać odcinek granicy od Prądzony do Walentynowa. Sztab batalionu rozlokowany miał być w Chojnicach.
Odcinek batalionowy podzielony był na cztery pododcinki, które obsadzały kompanie wystawiające posterunki i patrole. Posterunki wystawiano wzdłuż linii granicznej w taki sposób, by mogły się nawzajem widzieć w dzień. W tym zakresie batalion współpracował z posterunkami i patrolami Policji Państwowej. Współpraca polegała na tym, że te pierwsze wystawiały wzdłuż linii granicznej stale posterunki i patrole, natomiast policja tworzyła je w głębi strefy, poza linią graniczną.