22 czerwca 1941 roku nazistowskie Niemcy dokonały inwazji na Związek Radziecki. Pierwsze tygodnie wojny miały bardzo pomyślny przebieg dla strony niemieckiej. Dywizjom Wehrmachtu udało się bowiem rozbić wojska nadgranicznych okręgów wojskowych ZSRR, a następnie wedrzeć się w głąb terytorium przeciwnika. Wobec szybkich postępów niemieckiego natarcia NKWD przystąpiło do likwidacji więźniów politycznych przetrzymywanych w strefie działań wojennych. Latem 1941 roku w więzieniach i aresztach na Kresach Wschodnich zamordowano od 20 tys. do 30 tys. osób.
Przebieg masakry Przygraniczny Augustów został objęty walkami już w pierwszym dniu wojny. Początkowo ciężar niemieckiego natarcia przyjęły na siebie strażnice 86. oddziału wojsk ochrony pogranicza. Wkrótce po rozpoczęciu działań wojennych dowódca oddziału, mjr G. K. Zdornoj, wydał rozkaz wymordowania wszystkich więźniów przetrzymywanych na posesji Zarządu Wodnego.