26 lipca 1941 roku Włosi rozpoczęli atak morski na Grand Harbour. W skład sił ofensywnych wchodziły dwie żywe torpedy, cztery oraz sześć . Siły atakujące zostały dość wcześnie wykryte przez brytyjski ośrodek radarowy, i gdy Włosi znaleźli się w bliskiej odległości, artyleria z St. Elmo otworzyła ogień. Zginęło 15 Włochów, 18 schwytano, a wszystkie „żywe torpedy”, łodzie MT oraz dwie łodzie MAS zostały zniszczone. Jedna z łodzi MT trafiła w Saint Elmo Bridge, łączący falochron z końcem półwyspu w pobliżu fortu, powodując jego zawalenie się. Stan ten trwał do 2012, kiedy to zbudowano nowy, lecz innej konstrukcji most. W 2020 rozpoczęto renowację falochronu wraz z mostem. Niektóre części fortu zostały mocno uszkodzone podczas wojny, i do dziś można zobaczyć ślady bombardowania. Jednostka Royal Malta Artillery opuściła fort 26 marca 1972 roku, zamykając jego długą historię militarną. Z biegiem czasu coraz większa część fortu przestawała być używana.