Proces produkcyjny Białka SCP produkowane są w procesie fermentacji produktów odpadowych przez mikroorganizmy (wliczając w to drewno, słomę, odpady produkcji spożywczej, produkcji alkoholu, węglowodory oraz ludzkie i zwierzęce odchody). Problemami jakie napotyka proces ekstrakcji białek z odpadów jest ich rozcieńczenie oraz koszt procesu. Występują one w bardzo małych stężeniach, zwykle niższych niż 5%. W celu zwiększania koncentracji białek stosuje się wirowanie, flotację, odparowanie wody, filtrację lub zatężanie przy wykorzystaniu półprzepuszczalnych membran.
Białka SCP, aby zapobiec degradacji podczas przechowywania muszą zostać poddane odwodnieniu do poziomu około 10% i/lub zakwaszeniu. Metody zwiększania koncentracji białka do pożądanego poziomu i dehydratacji wymagają sprzętu, który jest kosztowny i nie zawsze może być wykorzystywany w produkcji na niewielką skalę. Także lokalne wykorzystanie produktu, jak najszybciej od momentu produkcji jest uzasadnione ekonomicznie.