Minister Zbigniew Ziobro zasugerował istnienie biznesowo-towarzyskiego układu między oskarżonymi kardiologami a biegłymi ze Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach, którzy wydawali opinie niekorzystne dla oskarżycieli, co miało wpłynąć na rzekomą nierzetelność wydanych ekspertyz. Równocześnie minister Ziobro nie przedstawił żadnych dowodów na istnienie takiego układu. W lipcu 2016 roku prokuratura wszczęła postępowanie w sprawie wyłudzenia przez biegłych trzystu siedemdziesięciu tysięcy złotych, czyli kosztu, jaki poniósł Skarb Państwa za przygotowaną przez biegłych opinię uzupełniającą. Według doniesień medialnych, autorzy ekspertyzy znaleźli się pod ścisłym nadzorem policji, która składała im wizyty wczesnym rankiem.
Zbigniew Ziobro w jednej z publicznych wypowiedzi odniósł się do orzekającej w procesie sędzi Agnieszki Pilarczyk. Część komentatorów uznało tę wypowiedź za dyskredytującą wobec sędzi. Krystyna Kornicka-Ziobro w trakcie wystąpienia na sali sądowej stwierdziła, że „sędzia Pilarczyk stała się stroną w tej sprawie i definitywnie przestała pełnić rolę bezstronnego sędziego. A to ostatecznie dyskwalifikuje ją w tym procesie”. Zbigniew Ziobro stwierdził, że w trakcie procesu sędzia Pilarczyk „złamała prawo”, „naruszyła zasadę równości stron” i „nie była obiektywna”.