Do kolejnego zjednoczenia Meklemburgii doszło po wymarciu linii na Güstrow w 1695 r., jednak i ono okazało się krótkotrwałe. Już w 1701 r. doszło do kolejnego podziału: książę Fryderyk Wilhelm zmuszony został do wydzielenia stosunkowo niewielkiej części księstwa, tzw. Meklemburgii-Strelitz swemu stryjowi Adolfowi Fryderykowi II. Ten podział na większe księstwo Meklemburgii-Schwerin i mniejsze Meklemburgii-Strelitz przetrwał aż do 1918 r. W początkach XVIII w. książę na Schwerinie, Karol Leopold próbował przełamać dominację feudałów, jednak próba ta nie powiodła się, a sam książę został zmuszony do abdykacji na rzecz brata. Oba księstwa w coraz większym stopniu uzależniały się od królestwa Prus, rodzinę książęcą łączyły z pruską rodziną królewską koligacje rodzinne (m.in. z rodu meklemburskiego pochodziła żona króla pruskiego Fryderyka Wilhelma III Luiza, odgrywająca znaczną rolę w organizowaniu oporu pruskiego przeciwko Napoleonowi Bonaparte).