Pierwsze śluby zakonne złożył w grudniu 1940 w Quimper.
Wysłany we wrześniu 1943 do Niemiec na roboty przymusowe w ramach Service du travail obligatoire, pracował jako konserwator na dworcu kolejowym w Kolonii. W lipcu 1944 Gestapo zatrzymało go wraz z 60 innymi seminarzystami, księżmi i zakonnikami pod zarzutem propagandy antynazistowskiej. Internowany w więzieniu w Brauweiler, przez dwa miesiące był poddawany nieustannym przesłuchaniom. Następnie został wysłany do niemieckiego obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie. W kwietniu 1945, w obliczu zbliżania się wojsk alianckich, obóz ewakuowano. Po zagnaniu więźniów pieszo na dworzec w Weimarze przewieziono ich pociągiem towarowym do Dachau (KL), przy czym przejazd trwał od 7 do 28 kwietnia 1945. Wielu z więźniów nie przetrwało warunków podróży, w czasie której stłoczeni byli po 90–100 osób w wagonie. Éloi Leclerc został uwolniony przez amerykańskich żołnierzy w następnym dniu po ich przybyciu do Dachau. Nie wspominał tych traumatycznych doświadczeń wojennych aż do roku 1999, kiedy napisał o nich w książce Le soleil se lève sur Assise.