Emigracja W grudniu 1831 r. w Elblągu zgłosił chęć wyjazdu do Francji. Za swój udział w Powstaniu Listopadowym, 13 lutego 1832 r., zaocznie, został skazany na karę śmierci przez Najwyższy Sąd Kryminalny (NSK). Do Francji przybył 1 lipca 1832 r.. Na początku należał do zakładu Bourges skąd w sierpniu 1833 r. przeszedł do zakładu Auxerre. 6 października 1834 r. wystąpił w obronie ks. Adama Jerzego Czartoryskiego i gen. Henryka DembińskiegoHenryk Dembiński: Do kapitana Józefa Bajerskiego. Paryż: 1834.Józef Bajerski: Au sujet du général Dembinski et J. B. Ostrowski. Imprimerie A. Pinard. Paris: 1834 / Biblioteka UW.. W odpowiedzi otrzymał pisemne podziękowanie od gen. Henryka Dembińskiego. Car Mikołaj I zamienił mu wyrok śmierci na wieczną banicję 16 września 1834 r.. Także w 1834 roku, za udział w Powstaniu Listopadowym, majątek Józefa Bajerskiego we Wronkach został skonfiskowany. W związku z pogarszającym się stanem zdrowia 25 sierpnia 1835 r. przybył do szpitala Św. Ludwika w Paryżu. W czerwcu 1837 r. leczył się u wód w Barèges. We wrześniu 1839 r. znów przebywał w Paryżu na leczeniu. W sierpniu 1843 r. udał się z Tarbes do Auxerre. W 1844 r. nie mogąc zwalczyć tęsknoty za krajem i rodziną zapadł na chorobę psychiczną i został umieszczony w domu dla obłąkanych w Auxerre. Zmarł w Auxerre 17 listopada 1867 roku.