Ten nieznany produkt pośredni jest następnie wykorzystywany przez bakterie redukujące siarkę jako źródło energii w procesie redukcji siarczanu do siarkowodoru. Beztlenowe metanotrofy nie należą do tych samych rodzin, co znane tlenowe metanotrofy. Najbliżej spokrewnionymi z beztlenowymi metanotrofami wyhodowanymi mikroorganizmami są metanogeny z rzędu Methanosarcinales.
W ostatnich latach opisano nową bakterię Candidatus Methylomirabilis oxyfera, zdolną do prowadzenia anaerobowego utleniania metanu oraz redukcji azotynu, bez udziału partnera symbiotycznego. Uważa się, że M. oxyfera utlenia metan w warunkach beztlenowych, wykorzystując tlen wytworzony poprzez dysmutację tlenku azotu do tlenu.
Redukcja emisji metanu Naukowcy uważają, że metanotrofy mogą przyczynić się do redukcji emisji metanu do atmosfery z różnych środowisk. Methylokorus infernorum, bakteria znaleziona w polu geotermalnym w Rotorua w Nowej Zelandii, jest metanotrofem zdolnym do życia w ekstremalnie kwaśnych i gorących środowiskach. Ten jedyny znany ekstremofil, będący równocześnie metanotrofem, jest uznawany za potencjalny czynnik redukujący emisję metanu ze składowisk odpadów oraz środowisk geotermalnych.