Na przełomie 1921/1922 roku opracowano koncepcję popieraną przez Głównego Inspektora Wojsk Granicy Wschodniej podziału wschodniego odcinka granicznego na dziewięć okręgów oraz sformowania dla każdego z nich po jednej brygadzie celnej. Brygadom podporządkowane miały zostać stacjonujące na ich terenie bataliony celne. Dla 24 batalionów celnych utworzono sześć brygad z siedzibą dowództw: w Dokszycach, Kłecku, Rokitnie, Milatynie, Kamionkach i Stryju.
Na granicy zachodniej do maja 1922 roku bataliony celne i nowo tworzona Straż Celna pełniły służbę równolegle, a Główna Komenda Baonów Celnych dalej wchodziła w skład Ministerstwa Skarbu. Przekazanie Ministerstwu Spraw Wewnętrznych nastąpiło na mocy rozkazu z 29 maja 1922 roku. Kompetencje Komendy w stosunku do baonów celnych pełniących służbę na granicy wschodniej zostały zmniejszone. Pozostawiono w jej gestii zadania związane z organizacją, wyszkoleniem, sprawami personalnymi i dyscyplinarnymi batalionów, z wymogiem kontrasygnaty Ministra SW.