Znalazłszy się w kraju objął stanowisko inspektora Ogrodu Pomologicznego i działającej przy nim Szkoły Ogrodniczej w Warszawie piastując je do 1898. W tym okresie przyczynił się do wykształcenia licznego grona wybitnych specjalistówJej dyrektorem był w tych latach prof. Edmund Jankowski.. Działał zarazem w założonym w 1884 roku Towarzystwie Ogrodniczym Warszawskim będąc przez pewien okres członkiem jego zarządu i wiceprezesemZob.: Polski Słownik Biograficzny..., s.476..
Rok 1898 był początkiem jego samodzielnej działalności w dziedzinie sadownictwa a szczególnie szkółkarstwa drzew owocowych. Uruchomił bowiem w podwarszawskim Ożarowie „Zakład Pomologiczny A.Girdwoynia". Szkółka mieściła się w Ołtarzewie na obszarze 36 haJak wynika z zachowanej korespondencji - Zakład działał pod niezmienioną nazwą jeszcze w 1940, a jego biuro mieściło się wówczas w Warszawie pod adresem: „Emilii Plater 35 (róg Al.Jerozolimskich)”. Świadczy o tym list z 10 lipca 1940 jego syna Aleksandra do kuzyna Witolda Girdwoynia (syna Kazimierza zamieszkałego w Krakowie, ul.Staszica 14 m.7), w którym pisał m.in.: [...] „U mnie nic nowego. Pracuję w Związku. Ma być reorganizacja i chcą abym jechał do Krakowa. Oczywiście nie jest to możliwe, gdyż nie mogę rzucić gospodarstwa, z którym jest wiele kłopotów. Wiosną miałem b. ciężko wobec strat mrozowych.