Okoliczności wypadku i śmierci 24 kwietnia 1965 r. poznał w jednym z lokali dwóch przebywających na urlopie w stolicy żołnierzy Volksmarine. Po zamknięciu lokalu wszyscy trzej udali się z butelką wódki do mieszkania Hauptmanna, spotykając po drodze znanego temuż wartownika, który pomimo brakującego dokumentu zezwolił dwójce marynarzy pozostać w mieszkaniu do godziny 3.00 nad ranem, kiedy to nastąpić miała zmiana warty. Ci opuścili jednak dom później, wskutek czego zostali na oczach Hauptmanna niezwłocznie aresztowani. Mężczyzna ruszył w kierunku marynarzy, w tym samym momencie został jednak wezwany do wylegitymowania się, w związku z czym odwrócił się. Po wezwaniu wartownika do zatrzymania się, Hans-Peter Hauptmann rzucił się na tegoż, po czym schwyciwszy za lufę trzymanego w rękach żołnierza karabinka AK-47, uwikłał się w szamotaninę. W efekcie przepychanki wartownik wystrzelił dwie salwy, Hauptmann został trafiony i osunął się na ziemię. Oczekiwanie na wezwaną przez żołnierzy karetkę pogotowia przedłużało się, w związku z czym podjęli decyzję o przetransportowaniu rannego ciężarówką do szpitala wojskowego w Drewitz. Operowany doraźnie w tymże Hauptmann został przeniesiony 28 kwietnia do kliniki we wschodnioberlińskiej dzielnicy Buch, gdzie w przebiegu kolejnej operacji usunięto mu jedną nerkę. Zmarł 3 maja 1965 r.