28 lutego 1998 został dowódcą dublującej (rezerwowej) załogi dublującej w programie 28 Ekspedycji, wiosną 2000 został przeniesiony do głównej załogi planowanej 29 Ekspedycji na stację kosmiczną Mir, jednak w grudniu 2000 wycofany z grupy. Od 14 października 2004 do 25 kwietnia 2005 odbywał swój drugi lot kosmiczny jako dowódca statku Sojuz TMA-5 i inżynier pokładowy 10 Ekspedycji na Międzynarodową Stację Kosmiczną; podczas wyprawy dwukrotnie wychodził w otwartą przestrzeń kosmiczną. Spędził w kosmosie 192 dni, 19 godzin, 1 minutę i 59 sekund.
W sierpniu 2016 został wyznaczony inżynierem pokładowym dublującej załogi Międzynarodowej Stacji Kosmicznej-16 i dublerem dowódcy statku Sojuz TMA-11, którego start zaplanowano na październik 2017.
Odznaczenia Bohater Republiki Kirgiskiej Bohater Federacji Rosyjskiej (Rosja, 13 września 2005) Order „Za Wybitne Zasługi” (Uzbekistan) Medal za Lot Kosmiczny (NASA)
Zobacz też alfabetyczna lista astronautów grupy i oddziały kosmonautów
Bibliografia http://www.warheroes.ru/hero/hero.asp?Hero_id=3884 (ros.) http://www.astronaut.ru/as_rusia/vvs/text/sharipov.htm?reload_coolmenus (ros.)