Zmarł w hiszpańskiej stolicy po ciężkiej chorobie 3 czerwca 1649 roku.
Twórczość Manuel de Faria e Sousa był tak uczonym, dociekliwym historykiem, jak i literatem, płodnym poetą. Podobnie jak wielu innych autorów portugalskich, posługiwał się z równą łatwością i portugalskim i hiszpańskim. Jego największym dziełem jest zamierzony na szeroką skalę, ale nieukończony cykl prac historycznych o działalności Portugalczyków we wszystkich częściach świata. Pośmiertnie ukazało się siedem części tego ambitnego projektu. Były to trzy tomu Europa Portugueza (1667), kolejne trzy tomy Asia Portugueza (1666-1675) i Africa Portugueza (1681). Książka o portugalskiej aktywności na Dalekim Wschodzie jeszcze przed końcem XVII wieku doczekała się wydania angielskiego w tłumaczeniu Johna Stevensa pod tytułem The Portugues Asia: Or, The History of the Discovery and Conquest of India by the Portugues; Containing All Their Discoveries from the Coast of Africk, to the Farthest Parts of China and Japan; All Their Battels by Sea and Land, Sieges and Other Memorable Actions;