Ekologia i zachowanie Środowiskiem życia sóweczek lilipucich są lasy wiecznie zielone i przyległa wysoka roślinność wtórna, półotwarte obszary i stare plantacje kakaowców. Ogółem odnotowywane były na nizinach i u podnóża gór. W Kostaryce odnotowane od poziomu morza do 800 m n.p.m., w Meksyku i Hondurasie do 1200 m n.p.m., a w Gwatemali do 1300 m n.p.m. Niedawno odkryta populacja w Ekwadorze zamieszkuje wilgotne lasy i ich obrzeża na wysokości 200–600 m n.p.m.
Dieta sóweczek lilipucich jest słabo poznana. Prawdopodobnie jedzą duże owady i inne bezkręgowce, gady i niewielkie ptaki oraz ssaki. Często poluje za dnia.
Sóweczki lilipucie można zwabić z użyciem nagranych głosów. Pieśń zaczyna się 2–4 równomiernie oddalonymi huknięciami, po których następuje krótka przerwa i 6–18 huknięć.
Lęgi Niewiele informacji o rozrodzie. Donoszono o zniesieniach w kwietniu i w maju. Gniazda mają znajdować się w naturalnych dziuplach drzew lub w starych dziuplach dzięciołów. Zniesienie liczy 2–4 jaja.