Pierwsze wspólnoty muzułmańskie w wyspiarskiej części regionu powstały w północnej Sumatrze w dzisiejszym rejonie Aceh.
Od początku XV wieku sułtanat Malakka pozostawał ostoją islamu w Archipelagu Malajskim. Stamtąd został on rozpowszechniony wzdłuż szlaków handlowych regionu. Nie wiadomo do końca, kiedy islam pojawił się w Azji Południowo-Wschodniej. Nie da się zatem dokładnie odtworzyć procesu islamizacji na podstawie dostępnych źródeł. Część naukowych teorii na ten temat pozostaje w sferze przypuszczeń.
Dalszy rozwój mały|prawo|250px|Mapa sułtanatu Samudera Pasai. Marco Polo w opisie swojej podróży do Chin w 1292 roku odnotował istnienie muzułmańskiego państwa-miasta Perlak.
Chińskie źródła odnotowują w 1282 roku obecność muzułmańskich delegacji do cesarza Chin z sułtanatu Samudera Pasai. Tę relację uwiarygadnia marokański podróżnik Muhammad Ibn Battuta, który przez piętnaście dni przebywał w 1345 w Samudera Pasai i napisał później, że tamtejszy władca był muzułmaninem i wykonywał swoje obowiązki religijne ze szczególną gorliwością.
Źródła odnotowują również obecność społeczności muzułmańskich w Królestwie Melaju.