Pierwszym etapem infekcji grzybowej jest inokulacja, czyli naniesienie na organizm żywiciela zarodników lub fragmentów grzybni. Dokonują tego prądy powietrza, woda, zwierzęta lub człowiek. Patogen musi następnie pokonać różnego rodzaju bariery ochronne rośliny, często niezbędne do tego jest zespołowe działanie większej ilości patogenów. Najmniejsza ilość patogenu niezbędna do skutecznej infekcji to próg infekcji. Zależy on od gatunku patogenu, podatności rośliny na dany patogen oraz od warunków środowiska. Rośliny pokryte są warstwą kutykuli, która na ogół w wystarczający sposób chroni je przed wniknięciem patogenów. Tylko nieliczne gatunki grzybów są w stanie pokonać tę barierę ochronną. Zazwyczaj grzyby wnikają do wnętrza rośliny przez miejsca, w których brak kutykuli. Są to znamiona słupków, miodniki, główki pręcików, młode kiełki oraz włośniki. Wrotami dla zakażeń są także naturalne otwory ciała: aparaty szparkowe, przetchlinki, hydatody, kanały wydzielnicze w miodnikach, blizny po opadłych liściach i owocach oraz powstające w korzeniach kanały, z których wyrastają korzenie boczne. Bardzo dobrymi dla patogenu miejscami infekcji są różnego rodzaju rany; zarówno te powstające mechanicznie, jak i niewielkie ranki powstające w miejscach nakłucia przez owady. Niektóre grzyby mogą zainfekować roślinę tylko przez rany;