Na zakończenie sezonu 2011/12 Pogoń ponownie uplasowała się na 4. miejsce w tabeli, a Emilii udało się w nim zdobyć 7 bramek. Nie udało się natomiast poprawić ani nawet powtórzyć rezultatu jaki klub osiągał w Pucharze Polski przez ostatnie trzy sezony. Pogoń Women Szczecin odpadła już w 1/8 finału, pierwsza drużyna po przegranej 4:0 w meczu z KKP II Bydgoszcz, natomiast rezerwy klubu po przegranej na wyjeździe 0:2 w meczu z Medykiem Konin. Sezon 2012/13 okazał się wyjątkowo pechowy nie tylko dla zawodniczki, ale także dla klubu. Emilia, grając przeciwko Górnikowi Łęczna w meczu kontrolnym przed rozpoczęciem sezonu ponownie zerwała więzadła co wyłączyło ją z gry na cały sezon, klub natomiast, po rozegraniu rundy jesiennej na skutek problemów finansowych został rozwiązany.
RTP Unia Racibórz Wraz z rozpoczęciem sezonu 2013/14 Emilia Zdunek dołączyła do Unii Racibórz. Z Mistrzyniami Polski wzięła udział w wygranym dla nich turnieju eliminacyjnym do Ligi Mistrzyń 2013/14, w którym rozegrała jedno spotkanie przeciwko słoweńskiej ŽNK Pomurje. Unitki odpadły z rozgrywek na etapie 1/16, po dwumeczu z Konak Belediyesi przegrywając 2:1 na wyjeździe i remisując bezbramkowo u siebie. Zdunek wystąpiła w obu tych spotkaniach.