W styczniu 1945 Shantoja został aresztowany przez funkcjonariuszy Departamentu Obrony Ludu i poddany torturom. W czasie śledztwa złamano mu ręce i nogi. 31 stycznia 1945 stanął przed sądem wojskowym (przew. Esat Ndreu) i został oskarżony o współpracę z okupantem i z Gjonem Markagjonim, a także o zbrodnie przeciwko władzy ludowej. 2 lutego 1945 został skazany na karę śmierci przez rozstrzelanie. Wyrok wykonano 5 marca 1945. Został pochowany w bezimiennej mogile.
Twórczość Pierwsze utwory poetyckie Shantoi ukazały się w 1920 w piśmie Zani i Shna Ndout (cykl pt. Duhia). Był pierwszym tłumaczem Fausta na język albański. W jego dorobku artystycznym oprócz utworów poetyckich i tłumaczeń z języka niemieckiego znajduje się także zbiór opowiadań Kodra mbas bregut, które publikował początkowo w czasopiśmie Cirka. Dzieła zebrane Shantoi ukazały się drukiem w 2005, nakładem wydawnictwa franciszkańskiego w SzkodrzeVepra, opr. Arben Marku, Shkoder 2005, .
Beatyfikacja Shantoja znajduje się w gronie 38 Albańczyków, którzy 5 listopada 2016 w Szkodrze zostali ogłoszeni błogosławionymi. Beatyfikacja duchownych, którzy zginęli „in odium fidei” została zaaprobowana przez papieża Franciszka 26 kwietnia 2016.