Następnie do 2010 roku był konsultantem i wiceprezesem firmy Lockheed Martin. Trzy lata później, w maju, prezydent Barack Obama mianował go dyrektorem Federal Bureau of Investigation. Mocno krytykowany był jego wpływ na kampanię prezydencką w 2016 roku. W lipcu zakończył śledztwo ws. maili Hillary Clinton i ogłosił, że nie będzie wnioskować o postawienie jej zarzutów, co ściągnęło na niego krytykę Donalda Trumpa oraz Partii Republikańskiej. Natomiast 28 października Comey ogłosił wznowienie śledztwa ws. Clinton, w efekcie czego spotkał się z krytyką ze strony ustępującego prezydenta i Partii Demokratycznej, a 6 listopada poinformował o ponownym zakończeniu śledztwa z powodu braku podstaw do postawienia zarzutów.
13 stycznia 2017 r. inspektor generalny w Departamencie Sprawiedliwości Michael Horowitz ogłosił wszczęcie w sprawie działań Comeya i FBI wewnętrznego śledztwa. 9 maja tego samego roku Comey został zdymisjonowany przez prezydenta Donalda Trumpa ze stanowiska dyrektora FBI przed upływem kadencji, jako drugi dyrektor w historii, co media porównały do tzw. „masakry sobotniej nocy” z 1973 roku. Oficjalnie jako powód odwołania Biały Dom wskazał nieodpowiednie potraktowanie kwestii służbowych maili Hillary Clinton, jednak Trump szybko przyznał, że powodem było śledztwo ws. rosyjskiej ingerencji.