W związku z poczynioną reorganizacją dokonano również zmian w składach załóg i w efekcie Fiodor Jurczichin i Jack Fischer zostali przeniesieni do podstawowej załogi Sojuza MS-04. Według początkowych planów drugą część załogi Ekspedycji 51 mieli stanowić Rosjanie Aleksandr Misurkin i Nikołaj Tichonow oraz Amerykanin Mark Vande Hei. Misurkin i Vande Hei zostali następnie przeniesieni do składu misji Sojuz MS-06, która dostarczy 53. i 54. stałą załogę ISS.
Załoga rezerwowa Załogę rezerwową stanowiły odpowiednie załogi rezerwowe Sojuza MS-03 i MS-04. Jako dublerzy pierwszej trójki załogi mianowani zostali: Fiodor Jurczichin, Roskosmos – wcześniej odbył cztery loty kosmiczne, Jack Fischer, NASA – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego, Paolo Nespoli, ESA – wcześniej odbył dwa loty kosmiczne.
Rezerwową załogę drugiej części składu Ekspedycji 51 stanowili: Siergiej Riazanski, Roskosmos – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny, Randolph Bresnik, NASA – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny.