Nie obyło się jednak bez problemów, przegrzewający się silnik był powodem, z powodu którego nigdy nie sprawdzono w locie maksymalnych osiągów samolotu.
W sierpniu 1946 roku maszyna znajdowała się w Farnborough, następnie trafiła do bazy RAF Chalgrove w Oxfordshire, gdzie Martin-Baker testował i testuje do dziś fotele wyrzucane swojej konstrukcji. Nie wykonywano żadnych lotów na MB-5 aż do 15 listopada 1947 roku, kiedy to maszyna o własnych siłach poleciała na lotnisko w Hatfield (Hertfordshire), fabryczne lotnisko wytwórni de Havilland, celem przeprowadzenia badań śmigła. W kwietniu 1948 roku samolot ponownie znalazł się w Farnborough. W maju 1948 roku MB-5 znalazł się na lotnisku w Wattisham, tam specjaliści z Servicing Development Unit dokonali przeglądu technicznego samolotu a następnie na przełomie 1948 i 1949 roku maszynę skierowano do bazy RAF Bircham Newton. Dalsze losy samolotu pozostały nieznane aż do 1999 roku, kiedy to odkryto, iż w MB-5 został przekazany macierzystej wytwórni Martin-Baker, gdzie w styczniu i lutym 1951 roku został złomowany.
Uzbrojenie MB-5 uzbrojony był w cztery działka Hispano Mk II kalibru 20 mm, po dwa na każdym skrzydle samolotu.