Dowództwo sformowano na bazie dowództwa polowego Frontu Południowego.
Z 12 Armia została wyłączona z wojsk Frontu Południowo-Zachodniego i przekazana w skład wojsk Sił Zbrojnych Ukrainy i Krymu. W grudniu dowództwo polowe 12 Armii zostało rozformowane.
Dowództwo Dowódcy: Nikołaj Siemionow (16 VI 1919 – 8 IX 1919); Siergiej Mieżeninow (10 IX 1919 — 10 VI 1920) Gaspar Woskanow (10 VI 1920 – 20 VIII 1920); Nikołaj Kuźmin (cz.p.o., 20 VIII 1920 – 26 X 1920); Nikołaj Lisowski (26 X 1920 – 25 XII 1920).
Członkowie Rewolucyjnej Rady Wojskowej: Siemion Arałow (16 VI 1919 – 1 XII 1920); A. Siemaszko (16 VI 1919 – 12 IX 1919); Nikołaj Kuźmin (21 VII 1920 – 3 XII 1920); Aleksandr Safonow (22 VIII 1919 – 13 IX 1919); Konstantin Awksientjewski (13 VIII 1919 – 22 VIII 1919); Nikołaj Murałow (8 IX 1919 – 13 VII 1920); ?