Pozostał na Île de France, przez kolejnych kilka lat kilkukrotnie odwiedzając Madagaskar i Île de Bourbon, prowadząc obserwacje i badania z geografii, historii naturalnej, fizyki, astronomii, nawigacji, wiatrów i pływów.
W końcu zdecydował, że Manila na Filipinach będzie idealnym miejscem na obserwację tranzytu i 1 maja 1766 roku na pokładzie hiszpańskiego okrętu wojennego opuścił Île de France. Do Manili przybył w sierpniu, jednak po kilku miesiącach pobytu ogarnęły go wątpliwości, czy faktycznie będzie to najlepsze miejsce do obserwacji. W dodatku hiszpański gubernator miasta był podejrzliwy i nieprzyjazny względem Le Gentila. Dowiedziawszy się, że Francuzi odbili Pondicherri, Le Gentil opuścił Manilę na portugalskim statku i w marcu 1768 roku dotarł do celu. Miejscowy gubernator przyjął go z entuzjazmem i poprosił go o wybór lokalizacji dla obserwatorium astronomicznego. Le Gentil postanowił zorganizować obserwatorium w pałacu częściowo zniszczonym przez Brytyjczyków, który służył wówczas za magazyn prochu. W oczekiwaniu na tranzyt przygotowywał obserwatorium i studiował astronomię indyjską. Niestety w dniu tranzytu Wenus 3 czerwca 1769 roku niebo było zachmurzone, przejaśniając się tuż po zakończeniu tego rzadkiego zjawiska.