1613-1620 – Nad odbudową nowego gmachu obradowano przez siedem lat. Kolejny arcybiskup Wawrzyniec Gembicki pragnąc sfinalizować sprawę odbudowy spalonego seminarium zwrócił uwagę na plac, zwany Rymanowskie, którego właścicielem byli wikariusze katedralni, a który według niego doskonale nadawał się na miejsce dla seminarium. Kapituła przyjęła ten pomysł, ale wikariusze nie chcieli przystać na taką propozycję. W końcu, pod warunkiem zamiany na folwark archidiakona gnieźnieńskiego, przychylili się do propozycji arcybiskupa.
1621 – Na mocy postanowień synodu diecezjalnego w Łowiczu (24 X 1620), zostało przeniesione kaliskie seminarium diecezjalne. Przyniosło to z jednej strony zwiększenie liczby alumnów, a z drugiej wzrost uposażenia.
1624 – W Gnieźnie wybuchła zaraza, która na krótki czas przerwała normalny tok studiów. Profesorowie i klerycy przenieśli się do Niestronna, gdzie przebywali do czasu ustania razy (1625). Od 1624 seminarium trapiły też wielkie kłopoty finansowe. Wzrosły koszty utrzymania kleryków jak i zakładu, dochody były bardzo niskie, a rozchody z roku na rok coraz bardziej przekraczały wysokość uposażenia. Spowodowało to, że arcybiskup Wężyk w 1637 wysunął propozycję przeniesienia seminarium gnieźnieńskiego do Kalisza.