SAGE został wkrótce opracowany do celów wojskowych w obronie przeciwlotniczej przed potencjalnymi sowieckimi atakami podczas zimnej wojny.
Hamilton powiedziała:
„Kiedy przychodziłeś do tej organizacji jako początkujący, zazwyczaj przydzielano Ci program, którego nikt nie był w stanie uruchomić, ani nawet stwierdzić co nie działa, kiedy ja zaczynałam również taki dostałam. To było trudne, ciężkie programowanie, a osoba, która to napisała, była z niego bardzo dumna. Wszystkie jego komentarze były po grecku i po łacinie. Zostałam więc przydzielona do tego programu i udało mi się go uruchomić.”
To jej wysiłki w tym projekcie sprawiły, że stała się kandydatką na stanowisko głównej programistki oprogramowania do lotów Apollo w NASA.
NASA Margaret Hamilton dołączyła wtedy do Laboratorium Charlesa Starka Drapera w MIT, który w tym czasie pracował nad misją kosmiczną Apollo. W końcu doprowadziła zespół do prac nad oprogramowaniem dla Apollo i Skylab. Zespół Hamilton był odpowiedzialny za opracowanie oprogramowania pokładowego, które zawierało algorytmy opracowane przez różnych starszych naukowców dla modułu dowodzenia Apollo, lądownika księżycowego i późniejszego Skylaba.