Na mocy bulli papieża Jana Pawła II z dnia 25 marca 1992 roku, Toruń znalazł się w granicach diecezji toruńskiej. W tym samym roku kościół św. Janów został świątynią katedralną. 4 czerwca 1995 roku erygowano parafię Matki Bożej Nieustającej Pomocy, 8 września 1996 roku Najświętszej Maryi Panny Częstochowskiej, a 8 września 1999 roku bł. Marii Karłowskiej. Na Podgórzu zaś 8 września 1999 roku erygowano parafię bł. Stefana Wincentego Frelichowskiego. 31 marca 2001 roku parafia Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny otrzymała drugiego patrona: błogosławionego Stefana Wincentego Frelichowskiego. Najmłodszą parafią w Toruniu jest parafia św. Andrzeja Apostoła, utworzona 9 listopada 2016 roku.
Inne wyznania chrześcijańskie thumb|200px|Kościół św. Szczepana Po wejściu Armii Czerwonej do Torunia 1945 roku miały miejsce prześladowania ludności prawosławnej. Część osób wywieziono do łagrów, inni emigrowali do Stanów Zjednoczonych, Francji i Australii bądź na Ziemie Odzyskane. Jednocześnie do parafii św. Mikołaja dołączyli ludzie z Podlasia, Lwowa i Wilna. Obecnie parafia św. Mikołaja obejmuje swoim zasięgiem teren dawnego województwa toruńskiego.