W październiku 2005 w badaniu OpenNet ujawniono, że urządzenia Fortinet były wykorzystywane do cenzurowania Internetu w Birmie. Mimo iż Fortinet twierdził wprawdzie, że produkty firmy są dystrybuowane przez firmy zewnętrzne oraz że przestrzega embarga Stanów Zjednoczonych, ujawniono zdjęcia sprzedawcy Fortinet z premierem Birmy.
Spory prawne W kwietniu 2005 r. niemiecki programista Linux z serwisu GPLviolations.org tymczasowego zakazu sprzedaży na brytyjską filię Fortinet ze względu na zarzuty, jakoby firma korzystała z szyfrowania, aby ukryć fakt używania kernelów Linux objętych licencją GPL. Warunki licencji nakazują ujawnianie źródła kodu.
W maju 2004 r. Trend Micro złożył skargę prawną przeciwko Fortinetowi, twierdząc, że technologie antywirusowe tej firmy naruszają patenty Trend Micro dotyczące metod skanowania poczty elektronicznej i ruchu danych w Internecie. W sierpniu tego samego roku Komisja Handlu Międzynarodowego Stanów Zjednoczonych wydała zarządzenie zakazujące Fortinetowi sprzedaży produktów, których dotyczyła skarga. Fortinet stwierdził, że patenty Trend Micro są zbyt szerokie, ale podporządkował się nakazowi. W styczniu 2006 r. Fortinet i Trend Micro zawarły umowę na nieujawnionych warunkach.