W drugiej połowie XV oraz w XVI wieku dokonano przebudowy kościoła, w efekcie której pojawiły się kaplice w nawach bocznych, wykupione przez szlacheckie rody Genui z przeznaczeniem na pochówek. W XVII wieku wybudowano prezbiterium i kryptę dla przechowywania świętych obrazów. W tym samym stuleciu przebudowano kościół w stylu barokowym. W okresie późniejszym wybudowano dzwonnicę i kaplice drogi krzyżowej, sfinansowane przez rodzinę Saluzzo. W połowie XVIII wieku, dzięki rodzinie Saluzzo i innym darczyńcom, zbudowano sieć dróg łączących kaplice drogi krzyżowej z Sanktuarium.
12 kwietnia 1946 roku papież Pius XII nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej.
Architektura Korpus nawowy mały|240px|Domenico Fiasella, Ekstaza św. Franciszka Kościół został zbudowany na planie krzyża łacińskiego jako założenie trzynawowe z kaplicami bocznymi, będącymi miejscem pochówku osób ze szlacheckich rodów Genui. W jego wnętrzu znajdują się cenne XVI- i XVII-wieczne obrazy malarzy szkoły genueńskiej, pędzla takich twórców jak Domenico Fiasella (Ekstaza św. Franciszka, Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny, Święta Rodzina i Św. Anna), Lazzaro Calvi (Święty Jan nauczający tłumy), Orazio De Ferrari (Ostatnia Wieczerza), Giovanni Battista Carlone (Boże Narodzenie) i Giovanni Battista Casoni.