W prawyborach Partii Demokratycznej uzyskał ponad 90% głosów, co pozwoliło mu kandydować do Izby Reprezentantów z poparciem tej partii.
W wyborach powszechnych zmierzył się z Seanem Bielatem, członkiem Rezerwy Korpusu Morskiego USA. W trakcie kampanii wyborczej Bielat zakwestionował kompetencje Kennedy’ego do zasiadania w Izbie Reprezentantów, wskazując, że Kennedy raczej będzie głosował zgodnie z linią partii. Został członkiem Izby Reprezentantów Stanów Zjednoczonych, zdobywając 221 303 głosy, przy 129 936 głosach Seana Bielata.
mały|lewo|Joe Kennedy podczas obchodów 50. rocznicy zamachu na Johna F. Kennedy’ego Kennedy został zaprzysiężony 3 stycznia 2013. Dołączył wówczas do Komisji Nauki, Przestrzeni Kosmicznej i Technologii oraz Komisji Spraw Zagranicznych. Jako członek Izby Reprezentantów Stanów Zjednoczonych wspierał federalne finansowanie National Science Foundation oraz Small Business Innovation Research. Starał się dołączyć do Komisji Edukacji i Pracy, jednak w związku z tym, że była to jego pierwsza kadencja było to niemożliwe.
Jako członek Komisji Spraw Zagranicznych udał się w maju 2013 roku do Afganistanu, gdzie spotkał się m.in. z prezydentem Hamidem Karzajem.