Akademie der Künste der DDR) Ottona Nagla list, w którym stwierdził m.in., że „ten niezwykle interesujący i niezastąpiony z punktu widzenia historii architektury budynek musi zostać zachowany w swojej zewnętrznej formie, jako że jest starym dziełem Schinkla i zaskakująco stanowi odejście od neoklasycyzmu, a w swej wielkiej prostocie przewidział nasz obecny rozwój”.
Budynek Akademii Budownictwa ostatecznie został rozebrany w latach 1961–1962, a planowany nowy gmach MSZ NRD zbudowano w latach 1964–1967. Rozbiórkę budynku przeprowadzono na zasadzie „kawałek po kawałku”, odzyskując przy tym liczne elementy dekoracji rzeźbiarskiej fasad. Po zakończeniu prac rozbiórkowych elementy te trafiły do wielu magazynów i kolekcji, a około 300 z nich przekazano berlińskim muzeom podległym instytucji Staatliche Museen zu Berlin. Podczas rozbiórki odzyskano także znajdujący się z lewej strony Schinkelsche Bauakademie ozdobny portal wejściowy, który w latach 1969–1970 został umieszczony na fasadzie restauracji Schinkelklause, położonej w tylnej części pałacu Następców Tronu (niem. Kronprinzenpalais). Rozbiórka została dokładnie udokumentowana na serii zdjęć, wykonanych przez architekta i konserwatora zabytków Helmuta Maiera. Obecnie część tych zdjęć jest własnością Märkisches Museum, zaś pozostałe są przechowywane w placówkach Nationalgalerie.
Plany odbudowy Schinkelsche Bauakademie