Wszystko wskazywało, że następny sezon (2004/2005) będzie dla piłkarza lepszy, ale poważna kontuzja wykluczyła go z gry na niemal cały sezon. 11 września 2004 w meczu przeciwko Sevilla FC na Camp Nou doznał zerwania wiązadeł w lewym kolanie. Resztę sezonu spędził w Brazylii i Barcelonie na rehabilitacji. Do gry powrócił dopiero na końcówkę sezonu uwieńczonego Mistrzostwem Hiszpanii.
W sezonie 2007/2008 był piłkarzem Atlético Madryt, dla którego rozegrał 6 meczów w Primera División. W sezonie 2008/2009 grał w drużynie Genoa CFC, w latach 2009 - 2012 występował w barwach Interu Mediolan.
Jest uniwersalnym pomocnikiem, sprawdza się zarówno w ataku konstruując akcje oraz w obronie przechwytując piłki. Dzięki talentowi, doświadczeniu i opanowaniu, a także wzrostowi (187 cm) i sile jest idealnym zmiennikiem dla graczy z linii obronnej. Potrafi bardzo mocno uderzyć piłkę lewą nogą.
9 lutego 2011 roku Motta zadebiutował w reprezentacji Włoch, w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu z Niemcami.
31 stycznia 2012 przeszedł do klubu PSG i podpisał 3,5 letni kontrakt, Inter Mediolan otrzymał za zawodnika 10 mln euro + bonusy w wysokości 3 mln euro.