Pytany przez dziennikarzy o to wydarzenie, Mattis odpowiedział: „Na wojnie zdarzają się złe rzeczy”. thumb|left|Mattis jako generał broni w Iraku, 6 maja 2007 r. Po awansie do stopnia generała broni (lieutenant general) Mattis objął Marine Corps Combat Development Command, które odpowiada za rozwój doktryny, metod dowodzenia i sposobów walki. 31 maja 2006 roku ogłoszono powołanie Mattisa na stanowisko dowódcy I Marine Expeditionary Force. W tym okresie wspólnie z generałem Davidem Petraeusem opracował wspólną dla wojsk lądowych i piechoty morskiej instrukcję zwalczania partyzantki.
Jako czterogwiazdkowy generał 11 września 2007 roku sekretarz obrony Robert Gates ogłosił, że prezydent George W. Bush awansuje Mattisa do stopnia generała i mianuje go dowódcą United States Joint Forces Command. Równolegle w ramach NATO Mattis miał stanąć na czele Dowództwa Sił Sojuszniczych NATO ds. Transformacji, odpowiedzialnego za podnoszenie potencjału sojuszniczych sił zbrojnych.