Część II, Arka – Chorego Rafała odnajdują Lidka i Emek – dwójka innych ukrywających się w zoo małych zbiegów z getta. Rafał zaprzyjaźnia się z nimi i poznaje wielki plan ucieczki z okupowanej Warszawy, wymyślony przez Emka, który w trudno dostępnej zatoczce nieopodal zoo buduje zamaskowaną łódź – Arkę. Dzieci są już niemal gotowe do wyruszenia w podróż po Wiśle, gdy Emek przynosi z miasta informację, że Niemcy rozpoczęli likwidację getta. Pomimo że termin wodowania Arki został wyznaczony na wieczór następnego dnia, Rafał – zamartwiający się o pozostawionego za murami dzielnicy dziadka – w pojedynkę wymyka się z zoo i wyrusza w powrotną drogę do warszawskiego getta. Gdy dociera na miejsce i przedostaje się przez mur, przekonuje się, że dzielnica jest pusta. Idzie do domu, w którym mieszkał z dziadkiem – na miejscu przekonuje się, że staruszkowi chyba udało się na czas uciec. Zmęczony chłopiec zasypia. Budzi go nieoczekiwany hałas – okazuje się, że jego kamienica roi się od poszukujących ukrywających się Żydów policjantów. W ostatniej chwili Rafałowi udaje się ukryć. Wraca bezpiecznie do zoo na czas. Razem z Lidką i Emkiem przystępuje do wodowania Arki, ale choć wydaje się, że do szczęśliwego finału jest o krok, w ostatniej chwili zatoczka zostaje odkryta przez hitlerowców. Lidce i Emkowi udaje się uciec.