Za jego kadencji Instytut Nauk o Środowisku UJ uzyskał status Centrum Doskonałości Unii Europejskiej (European Community – Center of Excellence)Dąbrowska B., Marchlewska-Koj. 2010. Instytut Nauk o Środowisku. (red.) Alicja Zemanek, [w] Złota Księga Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, Historia Instytutów, Kraków. ..
Jan Kozłowski odbył wiele krótko- i długoterminowych wyjazdów naukowych do ośrodków w Europie i USA. Współpracuje z instytucjami w Polsce oraz za granicami, np. z Zakładem Taksonomii Roślin Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; Instytutem Ochrony Przyrody PAN w Krakowie; Max Planck Institute for Demographic Research in Rostock (Niemcy); Institute of Mathematics, University of Würzburg (Niemcy); Biodiversity Research Group, Department of Zoology, Charles University in Prague (Czechy); Department of Arctic Biology, University Centre in Svalbard, Longyearbyen (Norwegia).
Był wielokrotnie zapraszany przez środowisko naukowe do wygłoszenia referatów jak np.