Stosując zasadę optymalnego podziału zasobów, Kozłowski bada również ewolucję, jak dotąd niewyjaśnionego przez naukę, zachowania wielu organizmów zmiennocieplnych (których temperatura ciała zależy od temperatury otoczenia). Organizmy takie w ciepłym środowisku rosną szybko, ale z powodu wczesnego dojrzewanie osiągają mniejsze rozmiary ciała w porównaniu z organizmami żyjącymi w zimnym środowisku. Prace badawcze Kozłowskiego mają także decydujący wpływ na rozwinięcie koncepcji adaptatywnej wartości rozmiaru komórek, zaproponowanej w 1983 roku przez prof. Henryka Szarskiego. Dzięki utworzonym w zespole Kozłowskiego nowym laboratoriom: histologicznym (w 2010) oraz ekologii termalnej (w 2012) możliwe stało się dalsze rozwijanie badań empirycznych przy wykorzystaniu specjalistycznej aparatury. Kluczowymi kursami prowadzonymi przez Kozłowskiego na Uniwersytecie Jagiellońskim są „mechanizmy ewolucji” i „ewolucjonizm”. Poza tym swego rodzaju hobby naukowym Jana Kozłowskiego jest propagowanie idei odnawialnych źródeł energii na zajęciach ze studentami prowadząc kurs „odnawialne źródła energii”.