Zdobył też srebrny medal Młodzieżowych Mistrzostw Świata w 2003.
W seniorskiej reprezentacji zadebiutował 27 maja 2006 w meczu z Rosją (4:0). W 2006 roku zagrał jeden mecz na Mundialu w Niemczech – z Arabią Saudyjską (3:0). Pierwszego gola dla reprezentacji zdobył 7 lutego 2007 w meczu towarzyskim z Anglią.
W 2008 razem z reprezentacją Hiszpanii triumfował w mistrzostwach Europy. Przez cały turniej był jedną z bardziej wyróżniających się postaci i odgrywał ważną rolę w kadrze Aragonesa.
Andrés Iniesta znalazł się w składzie reprezentacji Hiszpanii na Mistrzostwa Świata 2010. 25 czerwca w meczu z Chile zdobył bramkę na 2:0, a Hiszpania wygrała ostatecznie 2:1. Został wybrany najlepszym zawodnikiem tamtego spotkania. W 116. minucie finałowego meczu z Holandią strzelił jedyną bramkę w meczu dającą jego reprezentacji tytuł mistrza świata. Gola tego zadedykował Danielowi Jarquemu, pokazując koszulkę z napisem "Dani Jarque: siempre con nosotros" ("Dani Jarque: Zawsze z nami"). Jarque, były kapitan Espanyolu, zmarł w sierpniu 2009 na zawał serca. Pamiątkowa koszulka została wmurowana w stadion Espanyolu Barcelona. Został również wybrany najlepszym zawodnikiem tego spotkania.
Na Mistrzostwach Europy w 2012 roku wraz z reprezentacją Hiszpanii zajął pierwsze miejsce.