II liga (2011–2016) thumb|Wiślacy podczas meczu z Wigrami Suwałki w sezonie 2013/2014 II ligi W sezonie 2010/2011 Wisła wywalczyła awans do II ligi i w niej rozegrała kilka kolejnych sezonów. W rozgrywkach 2011/2012 zajęła 8. miejsce, rok później była 5., natomiast w sezonie 2013/2014, zakończonym 8 czerwca 2014, ponownie zajęła 8. miejsce. Dziesięć dni później Marcin Jałocha zastąpił Jacka Magnuszewskiego na stanowisku trenera drużyny. 28 sierpnia, po remisie i 4 porażkach w rundzie jesiennej rozgrywek 2014/2015, Jałocha został zwolniony przez zarząd klubu, a jego miejsce tymczasowo zajął Robert Złotnik. 10 września, po kolejnej przegranej i remisie, szkoleniowcem Wisły został Bohdan Bławacki. Pod jego wodzą Wisła zakończyła ten sezon na 13. miejscu, zaś w sezonie 2015/2016 zajęła 4. miejsce, które gwarantowało drużynie udział w barażach. 31 maja 2016 Polski Związek Piłki Nożnej poinformował o nieprzyznaniu Zawiszy Bydgoszcz licencji na grę w I lidze w kolejnym sezonie. Klub ten złożył odwołanie w tej sprawie, ale nie spełniało ono wymogów formalnych, w związku z czym 9 czerwca PZPN podtrzymał swoją decyzję. Wówczas odwołane zostały także mecze barażowe pomiędzy Wisłą a zespołem MKS Kluczbork.