Plan kościoła stanowi jedna nawa, przedzielona w połowie długości lizenami.
Wystrój wnętrza thumb|240px|Wnętrze kościoła thumb|240px|Giulio Romano, Męczeństwo św. Szczepana (ok. 1524) Prezbiterium Prezbiterium wznosi się 3 metry powyżej poziomu nawy. Oddzielone jest od nawy i od apsydy dwoma łukami tęczowymi i przykryte majestatycznym, wspartym na trompach sklepieniem kopułowym, którego żebra zbiegają się w zworniku ozdobionym motywem Baranka Bożego. Posadzka apsydy została podwyższona o 1 metr ponad poziom prezbiterium.
Ściana wewnętrzna fasady Na ścianie wewnętrznej fasady znajdują się pozostałości po chórze organowym – marmurowe płyty pokryte renesansowymi płaskorzeźbami wykonanymi w 1499 roku przez artystów florenckich: Donata Bentiego i Benedetta da Rovezzano.
Prawa ściana Do najważniejszych dzieł zdobiących wnętrze należy wielkowymiarowy obraz tablicowy Giulia Romana, przedstawiający Męczeństwo św Stefana, z około 1524 roku. Na pierwszym planie ukazana została samotna postać Świętego, mającego wizję Boga Ojca z Jezusem, z których promieniuje spokój i moc. Kontrastuje z nimi niespokojna i pogrążona w mroku scena kamienowania. Po lewej stronie Szczepana widoczny jest młodzieniec Szaweł (późniejszy Paweł), wskazujący na niego palcem.