Askospory Owocniki mają ostiolę na szczycie, ale po osiągnięciu dojrzałości pęka także ich boczna ściana w górnej części. Askospory bezbarwne, grubościenne z gutulami i jedną przegrodą, przy której są zwężone. Mają wrzecionowato-elipsodialny kształt i najszersze są ostro zakończonej części wierzchołkowej. Część dolna askospor jest zaokrąglona. Rozmiary: (10)12–13(14) × (3)3,5–4(5) μm. Na pożywce MEA askospory kiełkują po 24 godz. Podczas kiełkowania stają się brązowe i otoczone śluzowatą osłonką. Kiełkując wypuszczają po 2–3 strzępki kiełkowe z obydwu końców.
Kultury Schizothyrium pomi są homotaliczne.
Anamorfa tworzy na powierzchni jabłek wyprostowane, bezbarwne i rozproszone strzępki o szerokości 3–4 μm. Mają 3–4 przegrody i na przekroju poprzecznym są mniej więcej cylindryczne. Zazwyczaj są powyginane, rzadko proste, wyrastają z nich gładkie, ciemnobrązowe konidiofory o długości 25–35 μm (od podstawowej przegrody po fialidę) i szerokości 7–8 μm i szerokość 6–7 μm. Wierzchołkowa komórka ma długość 6–7 μm i taką samą szerokość. Na każdej z takich komórek wierzchołkowych komórek powstają dwie, rzadziej trzy komórki konidiotwórcze. Mają kształt od elipsoidalnego do niemal cylindrycznego, są brązowe, drobno brodawkowane. Mają długość 8–12 μm i szerokość 6–7 μm.