Pochodzenie Hector MacDonald urodził się na farmie w Rootfield w pobliżu Dingwall, w hrabstwie Ross-shire w Szkocji. Jak większość mieszkańców tego regionu, świetnie władał gaelickim i w późniejszym życiu był nazywany Eachann nan Cath (ang. „Hector of the Battles”). Jego ojciec, William MacDonald był farmerem oraz kamieniarzem. Matka, Ann Boyd pochodziła z Cradlehall, niedaleko Inverness. W wieku 15 lat Hector odbywał staż w Inverness, ucząc się zawodu sukiennika w miejscowej pasmanterii.
Kariera wojskowa 7 marca 1870 MacDonald zaciągnął się do miejscowej brygady piechoty (Inverness-shire Highland Rifle Volunteers), a rok później do 92 pułku piechoty (Gordon Highlanders) w Forcie George. Na początku swojej kariery bardzo szybko awansował. Za swoje zasługi podczas drugiej wojny brytyjsko-afgańskiej został awansowany na stopień starszego sierżanta, a także otrzymał (7 stycznia 1880) niezwykle honorową i rzadką jak na tamte czasy możliwość wyboru pomiędzy otrzymaniem Krzyża Wiktorii a otrzymaniem stopnia oficerskiego w swoim pułku. MacDonald wybrał drugą opcję.