Po powrocie do Polski wszedł w skład zespołu Jerzego Znosko, badającego nowo odkryte suwalskie złoże magnetytów wanado- i tytanonośnych. Od 1962 pracował na stanowisku starszego asystenta. Przez rok, od października 1962, Stanisław Kubicki pełnił również funkcję kierownika Zakładu Złóż Rud Żelaza. W 1963 został adiunktem oraz kierownikiem Pracowni Petrografii i Geochemii we wspomnianym zakładzie. W 1966 otrzymał z Centralnego Urzędu Geologii Uprawnienia geologiczne w zakresie poszukiwania i rozpoznawania złóż kopalin stałych.
Następnie zajął się mineralogią rud suwalskich. Swoje badania podsumował w rozprawie doktorskiej Mineralizacja kruszcowa suwalskiego masywu zasadowego – ilmenit i siarczki, przygotowanej pod kierunkiem Romana Osiki i obronionej w 1974.
W latach 1973–1976 był kierownikiem Zakładu Geologii Złóż Rud Metali, a od 1977 – kierownikiem Pracowni Geologii Podłoża NE Polski w tymże Zakładzie.